Si scrive allora o all’ora?

Entrambe le forme sono correte.

Allora può avere diversi significati.

Può essere una congiunzione conclusiva con il significato di “dunque” che introduce una conseguenza logica a quanto detto in precedenza. 

Marco non ha studiato, allora non ha passato l’esame.

Può svolgere la funzione di avverbio di tempo con il significato di “in quel momento” nel passato o nel futuro.

Allora non ero ancora laureata.

In altri casi la parola allora è usato per creare enfasi in frasi interrogative o con il significato di “in quel caso”, “se è così” in frasi esclamative.

Allora, hai deciso cosa fare?

Se sei a Cagliari, allora devi andare al mare!

All’ora

invece è un espressione di valore temporale usata per indicare l’ora in cui si verifica un azione, “in quella data ora” ma è usato anche con il significato di “per ogni ora”.

Mio padre ci raggiunge all’ora di cena.

La macchina correva a 100 km all’ora.